Aux confins de la galaxie, l'Alliance Galactique
Humaine lutte pour survivre face à une race extraterrestre appelée « Hideous ». Au
cours d'une bataille âpre et indécise, le lieutenant Ledo et son arme humanoïde
Chamber sont engloutis dans une distorsion temporelle. Une fois réveillé, il réalise
qu'il est arrivé sur Terre, une planète submergée par la mer après une période
glaciaire. Les gens y vivent humblement, dans de grands navires et vont à la recherche de
reliques anciennes à forte valeur marchande. C'est ainsi que Ledo se retrouvera embarquer sur un
vaisseau flottant appelé Gargantia. En l’absence de connaissance sur cette planète inconnue
et sa culture, il se trouve forcé de vivre aux côtés d'Amy, une jeune messagère de quinze ans.
Celle-ci sera son guide et son compagnon au cours des aventures palpitantes qui l'attendent
dans ce nouveau monde.