Le jeune Kobato est un lycéen de première année ayant traversé nombre d’épreuves difficiles
par le passé. Aujourd’hui que les choses se sont calmées, il est bien résolu à devenir un
citoyen simple et intègre. C’est la raison pour laquelle, il a tissé une relation singulière
avec la belle Osanai, l’une de ses camarades de classe partageant la même aspiration que lui.
En planifiant tous deux de mener des vies ordinaires et sereines, ils entament leur scolarité
au lycée de la manière la plus commune qui soit... Seulement, et ce pour une raison inconnue,
leur vie scolaire sera marquée par des incidents aussi bien mystérieux qu’inexplicables.
Ainsi, bien qu’il n’ait jamais eu l’intention de se faire remarquer, Kobato n’aura d’autre
choix que de mettre en exergue ses talents de déduction afin de résoudre les anomalies qui se
présenteront à lui.