An 6 de l'ère Kan'ei, au château Sunpu, un tournoi opposant des samouraïs
aux techniques impressionnantes est organisé par l'atroce Tadanaga Tokugawa.
L'un des duels voit la confrontation de Fujiki Gennosuke, amputé de son bras gauche,
à Irako Seigen, dépourvu de sa vue. Ces derniers sont deux des meilleurs combattants
du Japon et se vouent chacun une haine réciproque, faisant d’eux des ennemis mortels.
Alors que leur combat est sur le point de commencer, Shigurui revient sur leur
rencontre au dojo Kogan sept ans auparavant, dojo dans lequel leur lutte pour devenir
l'héritier de la technique secrète du dojo fit rage.