Fuyant l'hostilité des combats, deux jeunes gens du nom d’Ayato et Reika
arrivent dans une chambre secrète et mystique dans laquelle se trouve un œuf gigantesque.
Tandis que les combats font rage à l’extérieur, deux Golems viennent en renfort pour
défendre la ville, à ce même moment Reika recommence à chanter. Alors qu'Ayato semble
emporté par ce chant, l'œuf éclot et dévoile le « RahXephon », un robot humanoïde gigantesque.
Ce dernier met un terme aux combats de façon expéditive, la paix et la tranquilité
reviennent ainsi à Tôkyô. Le lendemain, Ayato est troublé par les événements de la veille, il
se souvient de quelques images : le RahXephon, les Golems, le combat... Mais tout ceci n’est
qu’un méli-mélo incompréhensible dans son esprit. C’est alors qu’une étrange inconnue du nom
d'Haruka fit son apparition et proposa à Ayato de tout lui expliquer.
