Il existe des créatures détenant le pouvoir d'exaucer les vœux des jeunes filles,
en échange de quoi celles-ci deviendront des « Puella Magi » afin de combattre des êtres
démoniaques, les sorcières.
Une collégienne du nom de Madoka Kaname, ainsi que son amie Sayaka Miki, sont approchées
par une de ces créatures, le dénommé Kyubey, qui leur propose de devenir à leur tour des "Magical Girl".
Alors qu'elles sont le point d'accepter, une nouvelle élève de leur classe, la nommée Homura Akemi, cherche
toutefois, pour des raisons encore non expliquées à empêcher Madoka de conclure ce contrat.
Dès lors, une série de secrets et de mystères vont être levés afin que la vérité éclate sur
l’origine des sorcières et de leurs pouvoirs obscurs.
