Un lycéen du nom de Shin Kanzato, et son jeune frère Jun, rentrent chez
leur frère aîné Ryo, le chef de la police d'Ayanagi (depuis dix ans déjà). À ce moment
là, une série d'étranges évènements se produisent dans la ville, on note la soudaine
disparition de l'équipage d'un submersible en plongée, l'apparition de syndrômes latents
survenus et le cas du corps méconnaissable d'un élève ayant pris une horrible apparence...
Ayant été mis au courant de ces sombres histoires, Ryo décide de traquer l'organisation
cachée derrière cette succession d'incidents, en employant son "Persona", une sorte
projection corporelle astrale permettant de lutter contre les "ombres".