En 2000 : Une gigantesque explosion se produit en Antarctique. Ce cataclysme
entraîne une montée des eaux de
plusieurs dizaines de mètres et dévaste une grande partie de la planète.
Quinze ans plus tard, l'humanité a surmonté cet évènement dramatique
mais de mystérieuses créatures géantes appelées "Anges" font leur
apparition et tentent de détruire Tokyo-3.
Pour les combattre, l'organisation secrète NERV mit au point les « Evangelion », des
robots géants humanoïdes... Shinji Ikari,
14 ans sonné, se rend à Tokyo-3 sur invitation du directeur
de la NERV. Ce dernier, fier de revoir son père après dix longues années, est loin de
se douter qu'il a été appelé pour piloter un Evangelion et prendre part au combat
contre le « Troisième Ange ».