Dans un monde où l'humanité fait face à une menace de
grande envergure connue sous le nom de "Flotte des Abysses". Flotte qui a pris le contrôle total des mers,
dictant leurs lois et faisant souffler le chaud et le froid sur les autres usagers de la mer, de jeunes filles
humaines possédant l'esprit des navires de guerre du passé, appelées « Kanmusu » littéralement "filles-navires"
semblent être les seules capables de stopper ces pirates des temps modernes. Les filles-navires vivent ensemble
dans une base navale top sécrète, dans laquelle elles passent leur vie quotidienne à s’entraîner, simulant
à répétition des exercices de batailles navales...
L’animé retrace les aventures de la jeune Fubuki, nouvelle recrue débarquant pour la première fois sur
cette base navale inconnue de tous. Elle y rencontrera d'autres filles possédant des pouvoirs similaires
au sien et ayant chacune les mêmes aptitudes qu’un type de navire de guerre particulier (destroyer,
cuirasser…). Avec ses nouvelles camarades, Fubiki essayera tant bien que mal de protéger les mers et
les océans du monde, même si la tâche s’annonce particulièrement ardue, car la flotte des Abysses est un
ennemi fort redoutable.