Le jeune
Allen Walker est un exorciste appartenant à un ordre spécial appelé « Congrégation
de l'Ombre ». Le but de cet ordre est d'affronter et d'éliminer des armes vivantes
appelées "Akuma",
ainsi que leur créateur, le Comte Millénaire dont le but est de détruire le monde.
Pour mener à bien cette mission, les exorcistes disposent chacun
d'une "Innocence", une sorte d'arme fantastique extrêmement rare... Alors que les
combats font rage, le clan des Noé, ami du Comte Millénaire, surgit sur le
champ de bataille. Dotés d'une puissance dont même le Comte Millénaire redoute,
leur intervention pourrait grandement influer sur le résultat final de cette guerre.
Ainsi, la lutte pour la sauvegarde de l'humanité s'annonce rude et très indécise.