À l'ère Edo, le Japon est envahi par des extraterrestres appelés "Amanto",
des créatures multi-formes, mais toutes plus ou moins anthropomorphes. Ne
voulant pas se laisser assujettir sans rien faire, les samouraï organisèrent une
rebellion des plus osées mais finirent pas être vaincus. Dès lors, une
futurition radicale tranchant avec le décor classique du Japon se mit en place
et les Amanto interdirent le port du sabre en public. Malgré tout, il en resta
quelques courageux qui bravèrent cette interdiction, refusant d'abandonner leur sabre.
Parmi eux, Gintoki Sakata, un ancien samouraï excentrique qui arracha
Shinpachi Shimura et sa sœur Tae d'un groupe d'extraterrestres les avait pris pour
cible. Impressionné par les techniques de combat de Gintoki, Shinpachi
devint son apprenti et decida lui aussi de combattre les Amanto.