Il y a 30 ans, un phénomène étrange appelé "séisme spatial" dévasta le
centre de l'Eurasie faisant au moins 150 millions de victimes.
Dans le présent, Itsuka Shido est un lycéen ordinaire pas du tout doué avec les filles.
Le premier jour de cours, un tremblement d'espace détruit la ville et une fille
dotée d'une armure apparaît en face de lui. Pris dans une violente bataille,
notre héros se retrouve inconscient. A son réveil il est abord d’un vaisseau et
apprend que Kotori, sa sœur, en est le capitaine. Cette dernière lui apprend que
la fille en armure est un « esprit », un être mystérieux venant d'une autre
dimension, pouvant générer des séismes spatiaux et dont la seule
manière de l’arrêter est qu’elle rencontre enfin l’amour.