Après que la Terre ait naturellement atteint la fin sa vie, elle a été reconstruite par un habile
horloger connu sous le nom de "Y" et rebaptisée « Clockwork Planet »... Un millier d’années plus tard,
une des compagnies aériennes de la famille Breguet déposa par erreur un colis au cœur de Kyoto. Ayant constaté
cette terrible erreur, Marie Bell Breguet, héritière de la famille Breguet envoya
immédiatement ses équipes de fouille retrouver ledit colis. Ce paquet contiendrait un automate femelle inactive
construite par Y en personne et est de ce fait considéré comme un trésor national.
La boîte en question finît par atterrir dans
la maison d’un jeune lycéen du nom de Naoto Miura, un passionné d’horlogerie possédant une sensibilité auditive
très poussée...
