La Troisième Guerre mondiale (2099 - 2126) a ravagé une partie de la Terre, bien que
l'arme nucléaire n'ait pas été employée. Les nations se reforment, tandis que des
groupes épars d'humains survivent dans des villes en ruine. En l’an 2127, Dunan Knut
et Briareos « Bri » Hecatonchires (devenu cyborg après un grave accident sur le front
Nord Africain) sont deux ex-commandos du Los Angeles S.W.A.T qui ont décidé de
s'installer dans une de ces villes dévastées.
Des années auparavant, en l'an 2080, des scientifiques de la planète entière fondèrent
une cité artificielle dans l'océan Atlantique répondant au nom d'Olympus. Cette cité
utopique était destinée à accueillir le fruit de leurs recherches : des humains
génétiquement modifiés appelés "Bioroïdes" dont la première génération naquit en 2083 :
c'est le « projet Appleseed ». Ce dernier visait à promouvoir la paix dans le monde. Très rapidement,
Olympus prospère sur tous les plans et entame des actions de grande envergure pour fédérer
les nations du globe, afin de mettre fin aux divers conflits. Mais ses créateurs ne
tarderont pas à comprendre que la paix dans le monde est une utopie que les humains
n'atteindront jamais.