Plusieurs années après la fin de City Hunter, une jeune tueuse à gages de 14 ans,
nom de code "Glass Heart" tente de mettre fin à ses jours en se jetant du haut d'un
immeuble. Celle-ci ne supportant plus de semer mort, destruction et malheur
autour d'elle. Malheureusement ou alors heureusement, elle échoue dans sa
tentative, mais se retrouve néanmoins empalée, le cœur transpercé. Parallèlement,
Kaori, qui va très prochainement se marier avec Ryô Saeba, meurt en tentant de sauver
un enfant sur le point de se faire écraser par un camion. L’intégralité de son corps
est dans un sale état mais son cœur est intact. Il sera volé par l'organisation qui
a engagé Glass Heart et greffé à cette dernière. Bizarrement, ce cœur semble accompagné
des souvenirs de son ancienne propriétaire, en particulier des sentiments très forts
qu’elle avait vis-à-vis de Ryô. Pousser par ceux-ci, Glass Heart va essayer de
retrouver celui qui occupe ses pensées et tenter d'avoir une vie semblable à celle de
toutes les jeunes filles de son âge.
